上海上港预备队是中国足球协会成立的第一支预备队。2015年初,根据中超联赛改革决定,上港将推出预备队参加乙级或甲级联赛,以培养和考察球员。最初,预备队以“上海上港U21”名义注册参赛,并在2015赛季征战中国足球乙级联赛第一组。上港U21的主教练是曾任上海上港U15-U18青年队总教练的张昆生。然而,由于球队在当年以4胜13平2负的成绩排在12支球队中第十位而无法晋级,但成功保级并且获得中国足协的补助金继续留存在乙级联赛。
随着2016年中超改革,上海上港预备队被推升为职业联赛球队,在2016赛季参加中国足球甲级联赛。上港预备队将在当赛季以“上海上港U21”名义注册参赛,而不是原定的“上海上港预备队”。但后来因为中超改革的决定,上海上港预备队改称为“上海上港”.2016年上港参加甲级联赛成功登顶。之后的几年,上港在甲级联赛都能取得不错的成绩。截至2022年8月,上港总排名第5位
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